أنشىء عام 1910 (مغلق حالياً لأعمال الترميم) وهو عبارة عن طابقين ، كلاهما يتكون من 14 (أربعة عشر) قاعة والمعروضات بهما مقسمة كالأتى:
الطابق السفلى:
 معروضات لشواهد قبور معظمها من الحجر الجيرى عليها
نصوص باللغة القبطية.
المكتبة الرئيسية للمتحف
الطابق العلوى:
قسم الفريسكات (لوحات جصية)
قسم الأخشاب

 افتتح فى 20 فبراير عام 1947 , مساحته تبلغ 1204 متر مربع وهو مكون من طابقين كالأتى:
الطابق السفلى:
به عدد 9 قاعات عرض :  القاعتين الأولى والثانية بهما تماثيل جيرية تعبر عن الانتقال من الوثنية الى القبطية وباقى القاعات بها عرض لتيجان ولوحات جيرية وفرسكات.
والطابق العلوى:
 به عدد 8  قاعات تحتوي على الآتي:
قسم المخطوطات    
قسم المنسوجات
 قسم الايقونات