أسس المتحف القبطي المرحوم مرقس سميكة (باشا) عام 1910 ليملأ فجوة في سجلات الفن المصري ويساعد على دراسة تاريخ المسيحية في مصر.

لقد شيد المتحف على أرض " وقف " تابعة للكنيسة القبطية التي قدمها عن طيب خاطر تحت تصرف مؤسسه قداسة المتنيح كيرلس الخامس (توفى عام 1927 ميلادية وأعقبه أنبا يؤنس التاسع عشر في 1929 ميلادية )
يقع المتحف القبطي في مكان غاية الأهمية من الناحية التاريخية فهو يقع داخل أسوار حصن بابليون الشهير الذي يعتبر من اشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر ،وتبلغ مساحته الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة وتم افتتاحه بعد ذلك عام 1984.

ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطي حوالي 16000 مقتنى وقد رتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اثني عشر قسما ، عرضت عرضا علميا روعي فيه الترتيب الزمني قدر الإمكان.
وقد ظل المتحف القبطي تابع للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم اصبح تابع لوزارة الثقافة.
يتراوح متوسط عدد الزائرين اليومي من 200 إلى 250 فرد من جنسيات مختلفة.